林产化学加工工程是一门涉及植物学、化学、生物学、医学及其工程学等领域的综合性交叉学科。本学科依托湖南省林产化工工程重点实验室建设，是我校重点扶持学科之一，与化学化工学院、城乡资源与规划学院和生物资源与环境科学学院共建共存，协助培养硕士研究生。
    湖南省林产化工工程重点实验室成立于1998年，2002年并入吉首大学，现为我省西部地区唯一的省级重点实验室。现有研究人员24人，其中教授6人，副教授8人，博士6人。实验室面积2500余平方米，分提取分离室、分析检测室、生物技术室、中试车间等四大部分，仪器设备总价值2300余万元。2004年实验室被评估为省级B类重点实验室，从而进入了湖南省前八强行列。
    林产化学加工工程立足于武陵山区丰富独特的天然产物资源，以林产资源中间体及终端产品的研究与开发为目标，以天然生物活性的提取、分离纯化技术研究为重点，以林产特色植物资源保护与综合开发利用新技术及新方法研究为支撑，从植物生物活性成分分离分析、分离工程与工艺研发、中间体及终端产品开发与应用及植物区系组成、生态特点、分布规律和培植等方面研究湘西地区特色植物资源的综合开发与利用，为地方高新技术产品研发和产业化提供技术基础，为林产化学工业可持续发展提供科学动力。
    林产化学加工工程学科现已形成了三个稳定而富有特色的研究方向：林产资源化学、林产植物资源工程、林化产品开发与产业化。近年来，学科组成员主持国家级、省部级科研课题40余项（研究经费340余万元），发表学术论文200多篇，出版著作、教材8部，获省部级及以上科研成果奖励及专利20多项，开发系列产品30多个，为地方经济建设作出了重大贡献。